รัชกาล เมื่อเฮนรีสิ้นพระชนม์

อิซาเบลลาอยู่ในเมืองเซโกเวียซึ่งได้รับการคุ้มครองจากการอ้างสิทธิ์ของเธอ เธอได้รับการสนับสนุนจากกลุ่มขุนนาง Castilian ที่สำคัญรวมถึง Cardinal Pedro González de Mendozaตำรวจแห่ง Castile (a Velasco) และนายพลเรือ (an Enríquez) อิซาเบล ซึ่งเกี่ยวข้องกับแม่ของ Ferdinand ฝ่ายที่เป็นปฏิปักษ์ซึ่งหยิบยกข้อโต้แย้งของ Joan รวมถึงหัวหน้าบาทหลวงแห่ง Toledo อดีตผู้สนับสนุน เจ้านายของ Calatrava (คำสั่งทางทหารที่มีอิทธิพล) และ Marqués de Villena หนุ่มทรงพลัง พวกเขาได้รับการสนับสนุนจาก Afonso V แห่งโปรตุเกสซึ่งรีบบุก Castile และหมั้นหมาย ที่นั่นตัวเองกับโจน สี่ปีแรกของการครองราชย์ของอิซาเบลลาจึงถูกยึดครองโดยสงครามกลางเมือง ซึ่งจบลงด้วยความพ่ายแพ้ของศัตรูชาวกัสติยาและกษัตริย์โปรตุเกส (24 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 1479) เมื่อพระเจ้าจอห์นที่ 2 แห่งอารากอนสวรรคตในปีเดียวกัน อาณาจักรแห่งคาสตีลและอารากอนก็มารวมตัวกันในฐานะผู้ปกครองของพวกเขา